２ヶ月近く悩みに悩んだエンコード方法ですが、無精はいけないとおもいます。ってことで、３ステップ踏むことにしたらうまくいっているみたいです。で、３ステップとは。
1.DVD2AVIで音声を分離
2.TMPGENCで音声のみを再エンコード
3.AVIUtlで動画の再エンコードと音声のマージ
ちなみに、圧縮は動画はDivX5.0.2 1pass768kbpsで画像サイズは320×480、29.97fps、音声はWMAv2 44kHz96kbpsでやることにしたですぅ。