マシンパワー不足によって音ずれが発生したみたい？で、BSPlayer+ffdshowというDivX再生環境でVirtualDubを使った音ずれ補正でうまくいっていることが判明しました。
ちゃんとエンコードできていなかったもんだから、HDRとPCのＨＤ残り容量があと３０Ｇを切っていたのでぎりぎり助かったという感じですなぁ。